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退火溫度對(duì)微滴式數(shù)字PCR儀的影響

更新時(shí)間:2021-08-30瀏覽:3123次
   微滴式數(shù)字PCR儀熱循環(huán)程序的主體是變性-退火(復(fù)性)-延伸三個(gè)溫控步驟的循環(huán)。無論是常規(guī)PCR、熒光定量PCR還是數(shù)字PCR退火溫度是反應(yīng)特異性最關(guān)鍵的參數(shù)之一。
 
  微滴式數(shù)字PCR儀退火溫度設(shè)置得太低可能導(dǎo)致非特異性PCR產(chǎn)物的擴(kuò)增;退火溫度過高可能會(huì)降低PCR擴(kuò)增效率,降低目標(biāo)產(chǎn)物的產(chǎn)量。
 
  微滴式數(shù)字PCR儀理想的退火溫度跟多個(gè)因素有關(guān)。要找到理想的Ta溫度,需要嘗試不同的溫度下重復(fù)測(cè)試相同的反應(yīng)體系,這需要耗費(fèi)更多時(shí)間和試劑耗材。
 
  其實(shí)與經(jīng)典PCR反應(yīng)一樣,使用具有溫度梯度功能的熱循環(huán)儀可以很容易地確定微滴式數(shù)字PCR反應(yīng)體系理想的退火溫度,在一次實(shí)驗(yàn)中即可同時(shí)測(cè)試8個(gè)不同退火溫度,以篩選出理想的溫度條件。
 
  所謂溫度梯度,即在標(biāo)準(zhǔn)的96孔PCR儀中,各行/列在同一個(gè)溫度步驟中產(chǎn)生不同的溫度。在一次運(yùn)行中即可考察不同溫度對(duì)PCR擴(kuò)增效果的影響,極大地減少實(shí)驗(yàn)次數(shù),避免重復(fù)實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生的不確定因素造成的影響。
 
  對(duì)于某些難度更大的稀有突變檢測(cè)實(shí)驗(yàn)中,由于野生型背景的干擾以及引物探針設(shè)計(jì)困難,很可能出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增。這時(shí)ddPCR體系的退火溫度不僅要確保陽性微滴和陰性微滴的區(qū)分,還要確保僅發(fā)生非特異性的微滴與特異性擴(kuò)增的微滴明確分開。
 
  在沒有溫度梯度功能加持的情況下,相同的數(shù)字PCR體系優(yōu)化和構(gòu)建可能需要經(jīng)過十?dāng)?shù)次重復(fù)實(shí)驗(yàn)來測(cè)試不同退火溫度條件下的實(shí)驗(yàn)效果。此外也需要指出,并非所有的數(shù)字PCR技術(shù)都能通過溫度梯度的方式優(yōu)化檢測(cè)體系,目前僅兼容標(biāo)準(zhǔn)PCR熱循環(huán)儀的數(shù)字PCR平臺(tái)才能使用溫度梯度熱循環(huán)程序。溫度梯度功能是快速優(yōu)化、構(gòu)建數(shù)字PCR反應(yīng)體系的利器,能大大減少體系優(yōu)化階段數(shù)字PCR試劑耗材的額外消耗,縮短工作時(shí)間,快速取得理想的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

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